Il Museo si caratterizza anche come archivio in quanto conserva una preziosa documentazione manoscritta proveniente da vari donatori e da alcune istituzioni educative, pubbliche e private.
La collezione di quaderni ed elaborati didattici vanta circa 6000 pezzi prevalentemente relativi all’arco di tempo 1870/1970. Si tratta di una delle raccolte più importanti sul piano nazionale presente anche nel portale, in via di implementazione, FISQED (Fondi Storici Italiani quaderni ed elaborati didattici) promosso dall’INDIRE (per la consultazione si veda http://www.fisqed.it/catalogo).

La collezione di documenti scolastici vanta circa 1500 pagelle e diplomi relativi a tutte le scuole – pubbliche e private, dalle elementari all’università – prevalentemente datati tra il 1870 e il 1950. Il nucleo più consistente è di provenienza locale, ma ve ne sono molti di provenienza nazionale.

L’archivio del Museo conserva significativi fondi personali e istituzionali:
a) le carte di Giovanbattista Carron (comandante partigiano, docente di filosofia, preside, deputato, presidente dell’ONAIRC);
b) gli archivi didattici di alcuni insegnanti elementari (Elisa Garbo Furlan, Wanda Vignaga Naccari, Tina Favaron), in servizio a Padova e a Rovigo nel secondo dopoguerra;
c) documenti di Giuseppe Bruzzo, Provveditore a Vicenza tra le due guerre mondiali;
e inoltre:
d) l’intero archivio del “Movimento Impiegati Cattolici” attivo nell'ambito dell’educazione degli adulti a Venezia dal 1962 al 1977;
e) registri e documenti vari dell'Istituto per l'Infanzia Abbandonata di Padova (1915-1938);
f) documenti vari provenienti da istituti scolastici o assistenziali.