L’Università di Padova fu tra le prime in Europa a consacrare una cattedra alla Geografia. Un primo innovativo esperimento fu tentato già nel 1745, quando una cattedra di Scienze nautiche e Geografia venne affidata a Gian Rinaldo Carli, che tuttavia dovette rinunciarvi per motivi familiari già nel 1749.

Circa un secolo dopo, nel 1855, la legislazione asburgica portò all’istituzione di una cattedra di Geografia  dedicata alla formazione degli insegnanti per i nuovi Licei-ginnasi. Risale a questa fase - attiva fino al 1858 - il primo nucleo di atlanti murali fisici e storici conservati presso il Museo.

Nel 1867, come adeguamento alle norme italiane che prevedevano l’insegnamento della Geografia nelle Facoltà di Lettere, un corso libero di Geografia fisica fu assegnato a Giuseppe Dalla Vedova, promosso Professore Straordinario nel 1872. Trasferitosi a Roma, nel 1878 seguì in cattedra Giovanni Marinelli, con Dalla Vedova considerato uno dei “padri della geografia italiana”.

La loro eredità materiale - insieme a quella dei successori Giuseppe Pennesi, Roberto Almagià, Arrigo Lorenzi, Luigi De Marchi, Giuseppe Morandini, Bruno Castiglioni e tutti gli altri geografi del secondo dopoguerra - costituisce il patrimonio tangibile del Museo di Geografia: globi, plastici, atlanti, carte geografiche, fotografie e strumenti raccolti in 150 anni di attività didattica e di ricerca. Ad esso si aggiunge un patrimonio intangibile fatto di pratiche e memorie correlate, cui il Museo dà voce e spazio.

Il Museo ha sede in Palazzo Wollemborg. Qui nel 1859 nacque l’economista Leone Wollemborg, fondatore delle Casse Rurali Italiane. Nel 1966 i suoi eredi cedettero il Palazzo all’Università, che dal 1972 vi riunì gli Istituti di Geografia e Geografia Fisica, destinati a fondersi nel Dipartimento di Geografia “Giuseppe Morandini” (1984-2011). Dal 2012 il palazzo è sede della Sezione di Geografia del Dipartimento di Scienze Storiche, Geografiche e dell’Antichità (DiSSGeA).

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