Tra le missioni del museo di mineralogia vi è arricchire il patrimonio mineralogico. Il CAM ha fornito un notevole contribuito incrementando di esemplari mineralogici le collezioni del museo attraverso le acquisizioni di campioni prestigiosi. Tra gli esemplari entrati nella collezione vanno menzionati un grande campione di calcite in cristalli traslucidi, zonati, colore rosato e giallo-verdastro delle dimensioni di oltre 60 centimetri proveniente dalla Cina, una serie di esemplari di pirite in perfetti cristalli pentagonododecaedrici fino a 8 cm, su ematite provenienti da uno scavo minerario presso Rio Marina, all’Isola d’Elba. Esso ha rappresentato un interessante progetto di ricerca e di scavo effettuato dal museo di mineralogia di Padova nel 2007 in collaborazione con il Parco Minerario dell’Elba e il Museo di Storia Naturale di Milano.
Degni di nota sono anche un enorme esemplare di microclino del peso di circa 70 chilogrammi con cristalli fino a 30 centimetri proveniente dal Pakistan, un grande cristallo di quarzo del peso di 35 chilogrammi proveniente dal Malawi, un esemplare di quarzo in perfetti cristalli allungati della val Formazza, un campione di barite in cristalli dalla miniera del Predil, in Friuli Venezia Giulia, e la collezione mineralogica Donizetti, ricca di quasi 500 esemplari mineralogici, tra cui molti provenienti dai giacimenti lombardi, piemontesi e veneti.