Il museo di mineralogia conserva una piccola raccolta di meteoriti, alcune delle quali sono state in passate utilizzate anche per studi e ricerche. Tra gli esemplari menzionati merita segnalare alcuni frammenti di una condrite carbonacea caduta il 22 Gennaio 1910 a Vigarano presso Ferrara.
Recentemente, grazie ad un finanziamento dell’Ateneo di Padova la raccolta di meteoriti del museo si è notevolmente arricchita di esemplari di grande valore scientifico ed espositivo. Tra gli esemplari di valenza scientifica sono stati acquisiti un frammento da Tissint, una meteorite “marziana” ed un esemplare da Thirert, una rarissima eucrite, perfettamente conservata. Tra gli esemplari di valore espositivo merita menzionare una grande condrite del peso di quasi 16 chilogrammi rivestita da una crosta di fusione perfettamente preservata ed una fetta lucidata proveniente da Seychman: si tratta di una pallasite ricca di bellissimi noduli di olivina verde translucenti con una porzione centrale metallica costituita da una lega di ferro-nichel.